Тестирование на COVID-19 в рамках GMP
Feb 11, 2021

Тестирование на COVID-19 в рамках GMP

По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний, существует два вида тестов на COVID-19: вирусный тест и тест на антитела. Вирусный или молекулярный тест определяет, активно ли пациент инфицирован SARS-CoV-2, образцы собираются с помощью мазка из носоглотки. С другой стороны, тест на антитела или серологический тест, также известный как тест на перенесенную инфекцию, выявляет, подвергался ли пациент воздействию вируса, через образцы крови. Большинство тестов против COVID-19 - это тесты на вирус, основанные на обратной транскрипции. В идеале собранные образцы следует сразу же поместить в стерильную транспортную пробирку или на лед и в специальные среды, чтобы предотвратить их разрушение, поскольку генетический материал SARS-CoV-2 очень хрупкий.

  1. Сбор образцов: мазок

  2. Экстракция РНК из образца и преобразование в ДНК

  3. Амплификация специальными праймерами SARS-COV-2

  4. Интерпретация результатов: присутствие вирусной РНА показывает активную SARS-COV-2 инфекцию

Рис. 1. Тестирование на вирусы (обнаружение ДНК) для диагностики активной инфекции SARS-CoV-2. Источник: Американское общество микробиологии

Тест на антитела, напротив, направлен на иммунный ответ инфицированного человека, выявляя антитела против вируса вместо обнаружения вирусного генетического материала. Хотя этот тест может дать результат в течение часа, большинство профессионалов утверждают, что этот тип теста не так точен, как тестирование на вирусы. Проблема в том, что антитела развиваются только через несколько недель после заражения, а это означает, что тест на антитела не рекомендуется для ранней диагностики и может пропустить бессимптомные случаи.

  1. Сбор образцов: образец крови

  2. Сравнение образца с образцом антител к SARS-CoV-2

  3. Интерпретация результатов: изменение цвета означает наличие антител

    Рис. 2. Тест на антитела (серология) для определения иммунного ответа на воздействие SARS-CoV-2. Источник: Американское общество микробиологии

Ниже представлены компоненты вирусного тестирования для протокола COVID-19 «Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) 2019-новый коронавирус (2019-nCoV), обратная транскриптаза в реальном времени (RT) ПЦР-диагностическая панель»:

Реагенты и расходные материалы (расходные материалы)

Испытательным лабораториям требуются следующие материалы в зависимости от элементов набора для тестирования вирусов, предоставленного Центром по контролю и профилактике заболеваний, для проведения теста на COVID-19. Чтобы гарантировать полное соответствие тестирования, убедитесь, что все компоненты будут в наличии.

  • Наборы праймеров / зондов для rRT-PCR

  • Положительный шаблонный контроль

  • Мастер-микс RT-qPCR

  • Вода молекулярной чистоты, не содержит нуклеаз

  • Одноразовые перчатки без пудры

  • Наконечники аэрозольного барьера P2 / P10, P200 и P1000

  • Стерильные микроцентрифужные пробирки объемом 1,5 мл, не содержащие нуклеаз

  • Стрипы из реакционных пробирок для ПЦР объемом 0,2 мл или 96-луночные реакционные планшеты для ПЦР в реальном времени и оптические полоски с 8 крышками

  • Маркер для лабораторий

  • Штативы-охладители для 1,5 микроцентрифужных пробирок и 96-луночных реакционных пробирок для ПЦР 0,2 мл

  • Штативы для микроцентрифужных пробирок объемом 1,5 мл

  • Поверхностные дезинфицирующие средства

Оборудование

Помимо расходных материалов, лаборатории должны также создать среду, способствующую мониторингу и проведению теста на вирусы. Лаборатории, которые регулярно проводят полимеразные цепные реакции, вероятно, соответствуют условиям окружающей среды. В противном случае для успешного прохождения теста на коронавирус необходимо следующее оборудование.

  • Вихревой смеситель. Эффективно смешивает небольшие объемы жидкостей.

  • Микропипетки (2 или 10 мкл, 200 мкл и 1000 мкл). Регулируемые калиброванные инструменты с одноразовыми стерильными наконечниками для переноса небольших количеств жидкости.

  • Многоканальные микропипетки (5-50 мкл). Регулируемые калиброванные инструменты с одноразовыми стерильными наконечниками для одновременного переноса нескольких образцов небольших количеств жидкости.

  • Холодные блоки: 2 x 96-луночных холодных блока. Закрепите пробирки для образцов и поддерживайте прохладную температуру во время добавления реагентов и образцов.

  • Система обнаружения ПЦР в реальном времени. Сочетает в себе регулируемый автоматический цикл ПЦР с технологией оптического обнаружения.

 

В дополнение к указанному списку требуемых расходных материалов и оборудования Центры по контролю и профилактике заболеваний подчеркнули, что извлечение вирусов из образцов, взятых у людей с подозрением на COVID-19, должна выполняться персоналом, обученным соответствующим техническим процедурам и процедурам безопасности в лабораториях класса биологической опасности 2 и 3. В противном случае клинические лаборатории не должны пытаться проводить извлечение вируса. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) также добавила, что национальные руководящие принципы биобезопасности лабораторий должны соблюдаться при любых обстоятельствах. В соответствии с этим, ВОЗ выпустила Руководство по лабораторной биобезопасности при обращении с образцами, связанными с COVID-19, и рассмотрела следующую Надлежащую микробиологическую практику и процедуры (GMPP) в качестве основного требования в лабораторной работе, не связанной с размножением (например, секвенирование, NAAT).

Передовые методики

  • Не храните в лаборатории еду или напитки, а также личные вещи, такие как куртки и сумки. Внутри лаборатории также запрещено есть, пить, курить и/или использовать косметику.

  • Не кладите в рот жвачку и не грызите ручки, находясь в лаборатории.

  • После работы с любым биологическим материалом тщательно вымойте руки, желательно теплой проточной водой с мылом, прежде чем покинуть лабораторию.

  • Не размещайте открытый огонь или источники тепла рядом с легковоспламеняющимися материалами и не оставляйте их без присмотра.

  • Перед входом в лабораторию необходимо прикрыть поврежденную кожу или порезы.

  • Поставки лабораторного оборудования и расходных материалов, включая реагенты, СИЗ и дезинфицирующие средства, должны быть достаточными и подходящими для действий, выполняемых до входа в лабораторию.

  • Чтобы уменьшить вероятность несчастных случаев и инцидентов, таких как разливы, спотыкания или падения персонала лаборатории, расходные материалы следует хранить надлежащим образом (в соответствии с инструкциями по хранению) и безопасно.

  • Необходимо соблюдать надлежащую маркировку всех биологических агентов, химикатов и радиоактивных материалов.

  • Такие барьеры, как пластиковые крышки, следует использовать для защиты письменных документов, особенно тех, которые, возможно, придется удалить из лаборатории.

  • Работа должна выполняться аккуратно, своевременно и без спешки. Избегайте работы в утомленном состоянии.

  • Убирайте ненужные для рабочего процесса материалы и поддерживайте рабочее место в чистоте и порядке.

  • Запретите использование наушников, так как это может отвлечь персонал и сделать невозможным услышать сигналы тревоги оборудования или объекта.

  • Закройте или снимите украшения, которые могут порвать материал перчаток, легко загрязниться или стать катализатором инфекции. При регулярном ношении следует рассмотреть возможность очистки и обеззараживания очков или украшений.

  • Избегайте использования мобильных электронных устройств, особенно если они не требуются для конкретных лабораторных работ или выполняемых процедур.

  • Храните мобильные электронные устройства в местах, где они не могут легко загрязниться или выступить в качестве катализатора инфекции. Используйте физические барьеры или обеззараживайте устройства перед тем, как покинуть лабораторию, если непосредственная близость таких устройств к биологическим агентам неизбежна.

Технические процедуры

  • При работе с образцами используйте передовые методики, чтобы свести к минимуму образование аэрозолей и избежать вдыхания биологических агентов.

  • Избегайте проглатывания биологических агентов и контакта их с кожей и глазами.

  • При работе с образцами не забывайте всегда носить одноразовые перчатки.

  • Следует избегать контакта рук в перчатках с лицом.

  • Во время работы защищайте или прикрывайте рот, глаза и лицо от возможных брызг.

  • Во избежание травм и инъекций биологических агентов осторожно обращайтесь со всеми острыми предметами и иглами.

  • По возможности заменяйте стеклянную посуду пластиковой.

  • Используйте ножницы с тупыми или закругленными концами, а не с заостренными.

  • Сведите к минимуму риск, связанный с использованием шприцев или игл, и используйте открывалки для ампул для безопасного обращения с ампулами.

  • Никогда не закрывайте, не зажимайте и не удаляйте иглы из одноразовых шприцев.

  • При утилизации любых острых материалов, таких как иглы, иглы со шприцами, лезвия и битое стекло, следует использовать непрокалываемые или устойчивые к проколам контейнеры с герметичными крышками.

 

Предотвращение распространения биологических агентов

  • Герметичные контейнеры с должным образом закрытыми крышками следует использовать при утилизации образцов и культур перед утилизацией в специальные контейнеры для отходов.

  • Рассмотрите возможность открытия пробирок с пропитанной дезинфицирующим средством салфеткой / марлей.

  • По окончании рабочих процедур, если какой-либо материал пролился или был загрязнен, продезинфицируйте рабочие поверхности подходящим дезинфицирующим средством.

  • Для эффективной полной инактивации дезинфицирующее средство должно быть эффективным в отношении патогенного микроорганизма и должно оставаться в контакте с инфекционными отходами в течение достаточного времени.

Когда эти методы строго соблюдаются и используется правильное лабораторное оборудование, вероятность воздействия на персонал при работе с биологическими агентами или манипулировании ими будет сведена к минимуму.

Источники:

[1] Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19). Май 2020. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html

[2] Руководство по лабораторной биобезопасности в связи с коронавирусной болезнью (COVID-19). Февраль 2020. https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/laboratory-biosafety-novel-coronavirus-version-1-1.pdf?sfvrsn=912a9847_2

[3] Американское общество микробиологии. Апрель 2020. https://asm.org/Articles/2020/April/COVID-19-Testing-FAQs